Bizans devrinde, caminin bulunduğu tepede I. Constantinus’un döneminde yapılan Havariyun kilisesi vardı. Bizans imparatorlarının bu tepede gömüldüğüne inanılır. Constantinus’un o zamanlar şehrin dışında kalan bu tepede gömüldüğü bilinmektedir. Fethin ardından bu bina Patrikhane kilisesi olarak kullanılmıştı. Fatih Sultan Mehmet buraya cami ve külliye inşa etmek isteyince patrikhane Pammakaristos Manastırı’na taşındı.
Yapımına 1462 yılında başlanmış ve 1470 yılında tamamlanmıştır. Mimarı, Sinaüddin Yusuf bin Abdullah’tır (Atik Sinan). Cami 1509 İstanbul depreminde büyük hasar görmüş ve II. Bayezid döneminde onarılmıştır. 1766 yılında yaşanan bir depremden dolayı harabe haline geldiği için Sultan III. Mustafa, 1767 ve 1771 yılları arasında camiyi Mimar Mehmed Tahir Ağa’ya tamir ettirdi. Bu nedenle cami orijinal görünümünü kaybetmiştir. 29 Ocak 1932’de ilk Türkçe ezan bu camide okunmuştur.
Kaynak: Vikipedi