Cami eksen olmak üzere medrese, imaret, türbe, muvakkithane ve şadırvan müteşekkil bir külliyedir.
Çeşitli yıllarda meydana gelen depremlerden dolayı hayli hasar görmüş olan külliye en son 1939 Erzincan Depreminde hasar görmüş ve Vakıflar Genel Müdürlüğünce 1954- 1971 yılları arasında onarım görmüştür.
Sultan II. Bayezid külliyesi, Cami eksen olmak üzere, medrese, imaret, türbe, muvakkithane ve şadırvan müteşekkil bir yapılar gurubunu içermektedir. Tamamen düzgün kesme taş, malzeme ile inşa edilmiş olan külliye Amasya’daki anıtsal eserlerdendir. Bütün külliyeyi büyük avlu duvarı çevrelemekte ve bu duvar üzerinde bir kapı bulunmaktadır. Külliyenin doğu avlu içinde batı ucunda U planda medrese doğu ucunda ise imaret ve tabhane bulunmakta iken imaret ve tabhanenin büyük bir kısmı deprem ve yangınla yıkılmış ve sonradan onarılmıştır.
Medrese sağlam olarak günümüze kadar gelmiş olup bugün kütüphane olarak kullanılmaktadır. Külliyeyi oluşturan yapıların en önemlisi olan cami beş bölmeli bir son cemaat yeri ile köşelerde iki minare ve iki kubbenin örttüğü bir mekândan ibarettir. Küçük kubbeli yan bölmelerde orta mekâna açılmaktadır. Bölmeler tam kare planda olmadıklarından kubbeler hafifçe ovaldir.
Kaynak: amasyagezi.com