Yeni Cami mimarlarından Davut Ağa’nın Mimar Sinan’ın öğrencilerinden olması, Yeni Cami’de Şehzadebaşı Camisi’nin etkisinin görülmesine sebep olmuştur. Bir ana kubbe etrafında, aynı çapta dört yarım kubbeyle çevrili olan cami tavanı, irili ufaklı birçok kubbeyle örtülmüştür.
Caminin üç şerefeli iki minaresi ve yirmi iki küçük kubbesi olan avlu çerçevesinin; üç farklı yönde, kubbeli üç girişi vardır. Bu avlunun ortasında, kubbeli ve mermerden bir şadırvan bulunur.
Cami bezemelerinde Osmanlı klasik mimari anlayışından belirgin sapmalar olmamış ve Cami’nin dış avlu duvarı 19 yy.ın ikinci yarısında artan Eminönü trafiğini rahatlatmak için yıktırılmıştır. Külliyenin darülkurrasıyla ve Sıbyan Mektebi de sonraki dönemlerde yıktırılmıştır.
