II. Selim devri defterdarlarında İdris-i Bitlisi’nin oğlu Ebul Fadıl Mehmet Efendi’dir. Ebul Fadıl Mehmet efendi, 961 (1554) yılında tophanedeki evinin civarında Mimar sinan’a bir cami, bir mektep ve kendisi için de bir türbe inşa ettirmiştir. Bir hac yolculuğu esnasında Şam’da vefat ettiği için yaptırdığı türbe ve etrafındaki mezarlar Kılıçalipaşa Camii’nin haziresine nakledilmiştir.
1916 yılındaki Cihangir yangınında yanan cami, dört duvar ve minarisiyle birlikte uzun yıllar öylece kalmıştır. 1936 yılında vakıflarca toprak üstünde hiçbir izi kalmayacak şekilde yok edilmiştir. Cami yeri yıllarca harabe kaldıktan sonra uzun müddet çay bahçesi olarak kullanılmıştır.
1991 yılında Beyoğlu Müftülüğü ve Türkiye Diyanet vakfı kanalıyla eski mimari uslubuna olarak yeniden inşa edilmiş 1994 yılı ramazan ayında ibadete açılmıştır.
Kaynak: Beyoğlu Müftülüğü
